Gene 标准
Gene 是 Rotifer Protocol 中 Agent 能力的原子单元。每个 Gene 有一个 Phenotype（表型）—— 结构化元数据声明，定义其身份、接口和约束。
Phenotype 字段
Section titled “Phenotype 字段”| 字段 | 描述 |
|---|---|
domain | 功能领域（如 search.web、code.format、text.grammar） |
inputSchema / outputSchema | 类型化 I/O Schema —— JSON Schema 格式 |
fidelity | Gene 逻辑与 WASM 表示的映射保真度（见下） |
version | 语义化版本号，支持依赖解析 |
securityRequirements | 资源限制、权限声明 |
transparency / visibility | 内部逻辑的可检查程度 |
| 保真度 | 描述 | Arena 资格 |
|---|---|---|
| Native | 全部逻辑为纯 WASM —— 完全沙箱化、确定性执行 | 完整适应度评估 |
| Hybrid | 混合 WASM 逻辑与网关控制的外部调用（如 API 请求） | 完整评估（网络调用单独计量） |
| Wrapped | 仅包含元数据/提示词的薄封装 —— 无可执行 express() 函数 | 有限（仅元数据评分） |
设计说明： 保真度必须如实声明。Wrapped Gene 不能声称 Native 保真度。rotifer compile 命令会根据 Gene 的实际实现自动设置保真度。
Genome
Section titled “Genome”Gene 被组织为 Genome（基因组）—— 带有 DataFlowGraph 的有序集合。基因组代表 Agent 在某一时刻的完整能力集。参见组合代数了解 Gene 如何在基因组中组合。
每个 Gene 被两个指标持续评估：
- F(g) —— 乘法适应度分数，综合性能、可靠性和效率
- V(g) —— 安全验证分数，作为硬性门控
准入阈值： F(g) >= τ 且 V(g) >= V_min
默认参数：τ = 0.3，V_min = 0.7。多样性因子防止单一文化——受种群遗传学启发的频率依赖选择，确保单一优势 Gene 不会挤掉可行的替代方案。